Главной проблемой заповедника на востоке Крыма назвали Черноморский флот РФ

Заповедник расположен на южном побережье Керченского полуострова и занимает площадь около 1,6 тыс. га, в том числе 62 га акватории Черного моря. Он был создан в 1998 году с целью реализации Программы перспективного развития заповедного дела в Украине. Его целью является сохранение биологического и ландшафтного разнообразия урочища Опук и прибрежной зоны Черного моря, имеющих большую природоохранную и историческую ценность. 

По оценке руководства Опукского заповедника, использование заповедной земли российским Черноморским флотом является главной проблемой заповедника.

Но одной из научно-практической конференций в Симферополе заведующий сектором научной работы Опукского заповедника Игорь Сикорский, Черноморский флот занимает в качестве полигона территорию заповедника площадью 2 га. При этом происходит наложение границ полигона и заповедника.

Кроме того, в числе проблем заповедника оказались "заваленные тоннами мусора и бытовыми отходами прилегающие территории", слабое материально-техническое обеспечение.

В апреле 2011 года бывшим президентом было поручено рассмотреть вопрос исключения части земельного участка полигона "Опук" в Ленинском районе АРК, используемого российским Черноморским флотом. Площадь участка, который предлагалось исключить, составляла 880,2 га, на нем находились объекты полигона. Участок предлагалось передать в постоянное пользование Опукскому заповеднику.